板蓝根为主要的抗病毒中药，每当有病毒性疾病风行时，板蓝根就会成为紧俏、抢手的中药。近期有不少处所用南板蓝根直接取代板蓝根入药，这是不妥的。因为二者起源、成分和药理作用等方面是有差别的。
起源不同：板蓝根为十字花科植物菘蓝的干燥根。南板蓝根为爵床科植物马蓝的干燥根。
用量不同：板蓝根清热解毒，凉血利咽。用于温毒发斑、舌绛紫暗、痄腮、喉痹、烂喉丹痧、丹毒、痈肿等。常用量为9～15克，水煎服。南板蓝根功效与板蓝根类似，能清热解毒，凉血利咽。用于温毒发斑、风热感冒、咽喉肿痛、痄腮、丹毒、风行性乙型脑炎、肝炎等。常用量为10～30克。
药理作用有差别：板蓝根水浸液对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、甲型链球菌、肺炎双球菌、流感杆菌、脑膜炎双球菌均有克制作用。板蓝根注射液对甲型流感病毒、乙型脑炎病毒、腮腺炎病毒、流感病毒有克制沾染及增殖作用，板蓝根还具有抗大肠杆菌内毒素的作用。从解热、抗炎实验成果比拟，板蓝根的作用优于南板蓝根。目前有关南板蓝根的研讨资料尚少，所以说，南板蓝根与北板蓝根是不可以互相替代的。
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